Năm 1769, Gmelin trở thành phó giáo sư y khoa tại Đại học Tübingen. Năm 1773, ông trở thành giáo sư triết học và trợ lý giáo sư y khoa tại Đại học Gottingen. Ông được thăng chức thành giáo sư y khoa và giáo sư hóa học, thực vật học và khoáng vật học vào năm 1778. Ông qua đời năm 1804 tại Gottingen.Johann Friedrich Gmelin đã xuất bản một số sách giáo khoa trong các lĩnh vực hóa học, khoa học dược phẩm, khoáng vật học và thực vật học. Ông cũng đã xuất bản ấn bản Systema Naturae lần thứ 13 của Carl Linnaeus vào năm 1788 và 1789. Trong đó có các mô tả và tên khoa học của nhiều loài mới, bao gồm cả những loài chim trước đây đã được đặt tên mà không có tên khoa học bởi John Latham trong Bản tóm tắt về loài chim. Ấn phẩm của Gmelin được trích dẫn là cơ quan cho hơn 290 loài chim [3] và cũng là một số loài bướm.[4]